Foi na Alcáçova do Castelo de Mértola que se iniciaram os trabalhos do Campo Arqueológico de Mértola. Desde 1978 foram postos a descoberto uma densa necrópole da Baixa Idade Média, um intrincado bairro de época islâmica e um impressionante complexo religioso paleocristão que integra um criptopórtico, um baptistério do séc./VI e um interessante conjunto de mosaicos de forte influência bizantina.
Recentemente, esta zona tem sido alvo de um projecto de valorização e conservação, o qual irá permitir visitar todo o espaço a partir de um passadiço sobre - elevado.
Por motivo das obras de arranjo paisagístico, o Campo Arqueológico de Mértola desenvolveu duas campanhas de escavações no interior do Castelo de Mértola, em 1996 e 2006. Nestes trabalhos foram postos a descoberto vestígios de vários períodos da vida no interior do edifício destacando-se interessantes estruturas e artefactos datados de cerca do ano 1000.
A intervenção arqueológica na Mesquita – Igreja Matriz de Mértola enquadra-se nos trabalhos de recuperação do edifício iniciados pelo IPPAR em 2003. As sondagens arqueológicas tiveram como objectivo diagnosticar possíveis problemas estruturais e averiguar a origem da humidade que estava a afectar o estuque original do séc. XII, assim como as causas do abatimento de uma parte do pavimento do Adro da Igreja. Esta intervenção foi também aproveitada para determinar a estratigrafia geral do subsolo do monumento e a existência de estruturas anteriores à mesquita almóada.
Em 2003, 2005 e 2006 o Campo Arqueológico de Mértola foi incumbido pela Câmara Municipal de Mértola de realizar escavações arqueológica na área de ampliação da Biblioteca Municipal. Esses trabalhos permitiram descobrir vestígios de um forno cerâmico do início da época moderna, um enterramento da Baixa Idade Média e uma série de contextos habitacionais islâmicos, sobrepostos a níveis que remontam ao período Romano – Republicano e à Idade do Ferro.
Destaca-se uma muralha, possivelmente dos inícios do período romano, assim como o seu torreão, de grande monumentalidade, que se encontra em razoável estado de conservação, tal como uma outra muralha da Idade do Ferro sobre a qual não existem ainda cronologias precisas. Nesta zona da vila, dentro do recinto amuralhado da Idade Média, nunca se tinham encontrado níveis estratigráficos fiáveis de época Romana – Republicana e da Idade do Ferro, o que realça a importância da descoberta destas estruturas na zona de entrada na cidade.
A Casa do Lanternim, actual sede do Parque Natural do Vale do Guadiana, situada em pleno Centro Histórico de Mértola, foi alvo de intervenções arqueológicas realizadas em diversas campanhas (1994, 2002, 2003 e 2004) no âmbito do projecto de recuperação e valorização do edifício.
Para além das intervenções arqueológicas realizadas no interior do edifício também foram desenvolvidos trabalhos de acompanhamento de obra, executados pela equipa do Campo Arqueológico de Mértola. Trata-se de um local perfeitamente delimitado espacialmente, cuja intervenção arqueológica se desenvolveu acompanhando mais uma fase da reorganização do centro histórico, através da requalificação de um edifício importante em termos arquitectónicos e da história local. Esta intervenção proporcionou uma enorme quantidade e diversidade de materiais com um horizonte temporal que abarca desde o século VIII a.C. até ao século XX. O estudo do sítio e dos materiais exumados foi apoiado pela Fundação da Ciência e Tecnologia ao abrigo de um Projecto de Investigação e Desenvolvimento (2005/2007).
No Monte Mosteiro, a cerca de 25 km da Vila de Mértola, existe uma construção que, pela sua traça arquitectónica, é identificável como pequeno edifício de culto. O eixo principal tem a orientação Este-Oeste comum nos templos cristãos. O monumento é constituído por dois espaços: a capela-mor absidada e o corpo principal, rectangular, sendo ambas, em termos construtivos, estruturas de alvenaria de pedra argamassada e revestida com o mesmo material. Intervenções arqueológicas realizadas nas imediações do edifício puseram a descoberto restos de mosaico do período romano e um conjunto de sepulturas talhadas na rocha. No interior da ermida foram encontrados vários enterramentos de crianças. O edifício foi alvo de um processo de conservação e recuperação, de forma a corrigir as patologias existentes, a recuperar a sua traça original e albergar um pequeno centro de interpretação. Neste processo de escavação e de recuperação participaram os alunos da Escola Profissional ALSUD de Mértola e técnicos do CAM.
Fora da muralha, junto da via que unia Mértola a Beja, tem vindo a ser estudada uma enorme necrópole de épocas paleocristã e islâmica. Sob o domínio muçulmano, este local manteve a suas funções funerárias. O almocavar, nome de origem árabe para o cemitério, estendia-se desde o Rossio do Carmo, até às muralhas da vila. A necrópole islâmica de Mértola, é um dos principais sítios funerários conhecidos do Gharb al-Andalus. Na zona do Rossio do Carmo, actualmente objecto de um novo projecto de investigação, encontra-se a escavação de uma zona ainda intacta da necrópole islâmica.
Trabalhos arqueológicos no interior do Cine – Teatro Marques Duque permitiram aferir que na Antiguidade Tardia (Séculos V-VII), neste local, havia um outro cemitério paleocristão do qual se descobriram mais de 30 sepulturas. É provável que ele fosse apenas um prolongamento do cemitério do Rossio do Carmo ou ali tivesse existido um outro antigo santuário cristão. No século XVII foi fundada neste local a ermida de Santo António dos Pescadores. Seria um pequeno santuário de uma só nave, com a capela-mor rebaixada e pouco saliente e bem orientada. Esta pequena capela serviria a comunidade mais directamente ligada à pesca e à navegação fluvial. Em 1917 foi destruída e substituída pela actual sala de teatro, que conservou até hoje a sua fachada.
As obras particulares de ampliação da Pensão Beira – Rio levaram a que se realizassem escavações na área do quintal da mesma, as quais foram executadas pela equipa do Campo Arqueológico de Mértola. A escavação veio a identificar uma área residencial (arrabalde ou bairro habitacional) de época islâmica (séculos X-XII). A investigação arqueológica permitiu reconhecer um certo planeamento urbano, com ruas bem estruturadas e sistemas de canalização e esgoto. Alguns indícios sugerem que, além da zona habitacional, haveria também actividades produtivas.
Em 2008, a remodelação do eixo comercial da vila de Mértola, como já se previa, levou à descoberta de importantes vestígios arqueológicos. Duas Necrópoles, a Necrópole de Incineração, descoberta durante a abertura de uma das valas na rua Alves Redol, nas imediações da Estação de Correios e a Necrópole de Inumação na Rua Dr. Serrão Martins, na qual se pôs a descoberto um importante conjunto de sepulturas associadas a uma igreja dos inícios do cristianismo (Século V-VIII), e que, de certa forma, continuam a necrópole do Cine -Teatro Marques Duque.
Para além destes importantes vestígios, é de destacar o torreão, construído em sólida alvenaria argamassada, sendo o que Duarte D’Armas, na sua visita a Mértola em inícios do século XVI, representou como “atalaia”. As obras continuam a decorrer e ao mesmo tempo os trabalhos arqueológicos em diversos pontos das ruas.