Desde a sua criação em 1978, o CAM procurou desenvolver uma investigação científica multidisciplinar no âmbito das ciências sociais e humanas. Além de um interesse direto no que diz respeito à história e à arqueologia, os seus grupos de trabalho têm vindo também a dedicar-se à história local, ao património histórico, à herança artística e cultural, à museologia, à arquitetura vernacular e à antropologia.
Entre 2003 e 2007, o CAM foi uma Unidade de Investigação autónoma, inserida no Programa Plurianual de financiamento da Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT). No ano de 2007, o Campo Arqueológico de Mértola e o Centro de Estudos Arqueológicos das Universidade de Coimbra e Porto (atualmente denominado Centro de Estudos em Arqueologia, Artes e Ciências do Património – CEAACP) uniram-se na criação de uma única Unidade de Investigação destinada a potenciar e estimular o estudo histórico, artístico e arqueológico, numa perspetiva interdisciplinar. A este Centro veio a incorporar-se, em 2013, um grupo de investigadores da Universidade do Algarve.
O novo Centro pretende ser um espaço de confluência, debate e reflexão sobre os conteúdos e metodologias da investigação nas suas múltiplas dimensões geográficas e cronológicas e uma plataforma de participação e promoção das ações comuns a vários grupos ou a elementos de grupos diferentes. Assumem-se, assim, como referenciais de enquadramento da convergência de investigação transversal no interior da Unidade e à escala internacional e como atração e enquadramento de investigadores, mormente para cursos de pós-doutoramento.
CEAACP - Centro de Estudos em Arqueologia, Artes e Ciências do Património

CIGA - Grupo de Investigação sobre a Cerâmica Islâmica do Gharb Al-Andalus

Programa Plurianual
Entre 2003 e 2007 o CAM foi uma Unidade autónoma de Investigação, inserida no Programa Plurianual de financiamento da Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT).
Neste programa desenvolvem-se quatro linhas de trabalho:
1. Archaeological remains of daily life
(ARCHEREMAINS)
Responsável: Cláudio Torres
2. Mértola in the Late Antiquity era and its evolution toward an Islamic society
(ALCAMERT)
Responsável: Cláudio Torres
3. Islamic Necropolis of Mértola
(NEISME)
Responsável: Cláudio Torres
4. Language and History in the North-South border
(LHF)
Responsável: Manuela Barros Ferreira
Outros Projectos de Investigação Financiados pela FCT
Casa do Lanternim (Mértola) - Contributo para a História Local
Referência: POCI/HEC/60119/2004
Data de início 01-01-2005 | Data de fim 31-12-2007
Responsável: Cláudio Torres
Alcáçova de Mértola: Espaços, edifícios, e funções entre a Antiguidade Tardia e a Reconquista Cristã
Referência: POCI/HAR/60235/2004
Data de início 01-01-2005 | Data de fim 31-12-2007
Responsável: Cláudio Torres
A Necrópole Islâmica do Rossio do Carmo (Mértola)
Referência: POCI/HAR/58884/2004
Data de início 01-01-2005 | Data de fim 31-12-2007
Responsável: Cláudio Torres